Los frescos del presbiterio se atribuyen a la mano de los hermanos Carloni, originarios del Valle Intelvi. Los arcos triunfales, los muros del presbiterio, las bóvedas y la pila absidal fueron decorados repetidas veces. El arco triunfal, nos muestra un precioso fresco que representa a «Cristo en la Gloria» atribuido a Tagliaferri, un renombrado pintor del alto valle de Valvarrone, realizado a finales del siglo XIX. De la misma época es el segundo arco triunfal con ángeles en adoración de la cruz; original, además del elegante festón de ramas y hojas con frutas, el remate central “nube” del arco.
Un fresco muy diferente del resto de la decoración de estilo barroco, que abre grandiosamente los compactos muros absidales en dos salas ilusorias con columnas que flanquean otro retablo ilusorio que representa a San Bernardina, en gesto ascético que indica el trigrama, y a sus lados se sitúan las personificaciones de las virtudes de la Fortaleza invocando el diálogo y la Prudencia con la serpiente. A ambos lados del falso retablo, en dos salas separadas, encontramos la Fe y la Caridad con su simbología clásica. En la parte superior, la semicúpula absidal culmina en una balconada de otro ambiente ilusorio, rico en frutas y flores. Los paneles laterales del presbiterio representan dos escenas del sueño y de la lucha de Jacob, ambas se refieren a la fortaleza y a la escala de virtudes que permitió a Bernardinoascender hacia la gloria en la que está inmerso en el fresco de la bóveda de cañón que muestra a San Bernardino en la gloria del Paraíso, obra embellecida con elementos decorativos de frutas con festones de hojas y ramas sobre un fondo de falso mármol policromado.
El fresco de la bóveda elíptica del ábside, que domina un precioso coro lignario de nogal corre a lo largo de toda la cuenca absidal, muestra figuras de ángeles adorando a la Paloma del Espíritu Santo, posiblemente atribuible a Tagliaferri. Merece especial atención el espléndido fresco con una falsa balconada de mármol que decora la parte culminante de la cuenca absidal. Un magnífico ejemplo de tromp d’oil.