Gli affreschi del presbiterio vengono attribuiti alla mano del Fratelli Carloni, originari della Valle Intelvi. Gli arconi trionfali, le pareti del presbiterio, le volte e il catino absidale vennero decorati a più riprese. L'arco trionfale, ci mostra un prezioso affresco raffigurante il “Cristo in Gloria” attribuito al Tagliaferri, noto e affermato pittore dell’alta Valvarrone, realizzato alla fine dell'800. Dello stesso periodo il secondo arcone trionfale con angeli in adorazione della croce; particolare, oltre all’elegante festone di rami e foglie con frutti, la rifinitura centrale “a nuvola” dell’arco. Affresco ben diverso dal restante apparato di gusto barrocchetto che apre grandiosamente le mura compatte absidali in due illusori ambienti colonnati che affiancano un’ulteriore illusoria ancona raffigurante San Bernardino, raffigurato in forma ascetica che indica il trigramma e ai suoi lati stanno le personificazioni delle virtù della fortezza che invoca il dialogo e della prudenza con il serpente. Ai lati della finta ancona, in due ambienti a sé stanti, troviamo la Fede e la Carità con le loro simbologie classiche. In alto il semicatino è coronato da una balconata di un altro ambiente illusorio, ricchissimo di frutti e di fiori. Nei riquadri laterali del presbiterio sono dipinte due scene del sogno e della lotta di Giacobbe, entrambe riferibili alla fortezza e alla scala delle virtù che Bernardino ottenne di salire verso la gloria in cui è immerso nell’affresco sulla volta a botte che ci mostra, appunto, San Bernardino nella gloria del Paradiso, opera arricchita da elementi decorativi di frutti con festoni di foglie e rami su fondo in finto marmo policromo. L' affresco della volta ellittica dell’abside, che sovrasta un prezioso coro in legno di noce che corre lungo l’intero catino absidale, mostra figure d’angeli in adorazione della Colomba dello Spirito Santo, attribuibile forse al Tagliaferri. Merita una particolare attenzione lo splendido affresco con finta balconata marmorea che decora la parte culminante del catino absidale. Un magnifico esempio di decorazione a tromp d’oil.